docs: clarify graphify usage for tracing

AGENTS.md

@@ -507,7 +507,7 @@ roadmap.md и inbox.md никогда не являются основанием
 
 ## graphify
 
-This project has a knowledge graph at graphify-out/ with god nodes, community structure, and cross-file relationships.
+This project has a knowledge graph in `graphify-out/` with god nodes, community structure, and cross-file relationships. The graph is a local artifact, not a tracked repo asset.
 
 When the user types `/graphify`, invoke the `skill` tool with `skill: "graphify"` before doing anything else.
 
@@ -518,6 +518,8 @@ Rules:
 - Для отладки багов начинай с симптома и спрашивай у graphify путь зависимости, bridge nodes или модули, которые могут объяснить неожиданное поведение.
 - Если `graphify` возвращает только общую структуру, переходи к `serena` за символ-уровневыми фактами и затем повторяй `graphify` с более узким вопросом, где названы конкретные файлы, модули или сервисы.
 - Dirty `graphify-out/` после хуков или инкрементальных обновлений считаются нормой; грязные файлы графа не повод пропускать `graphify`. Пропускать его можно только если задача именно про устаревший или некорректный граф, либо если пользователь прямо попросил не использовать его.
+- В новом `worktree` сначала заново создай локальный граф командой `graphify extract .`.
+- После первой сборки в этом `worktree` обновляй граф командой `graphify update .`.
 - Если существует `graphify-out/wiki/index.md`, используй его для широкого обзора вместо ручного просмотра исходников.
 - `graphify-out/GRAPH_REPORT.md` читай только для широкого архитектурного обзора или когда `query/path/explain` не дают достаточно контекста.
 - После изменений в коде запускай `graphify update .`, чтобы держать граф актуальным (только AST, без затрат на LLM).

README.md

@@ -125,6 +125,8 @@ docs/
 | `npm run format`                   | Prettier для всех `*.{ts,tsx}`                                              |
 | `npm run codegen -w apps/frontend` | `openapi-typescript` из запущенного локального Swagger → `src/api/types.ts` |
 
+`graphify-out/` — локальный артефакт знания, он не хранится в git. В новом `worktree` сначала собери его заново: `graphify extract .`; дальше обновляй инкрементально: `graphify update .`. Для вопросов по коду используй `graphify query "..."`.
+
 Docusaurus (`apps/docs`) — опубликованная документация для пользователей. Storybook (`packages/design-system`) — инженерный workbench для разработки компонентов.
 
 Интеграционные тесты с MOEX: `npm run test:integration -w apps/backend`.